A história de Arraial do Cabo encontra-se vinculada à de Cabo Frio, do qual era sede distrital até recentemente.
A formação de Arraial do Cabo começa há um milhão de anos, quando, pela ação dos ventos e de correntes marítimas, foram incorporadas ao continente três antigas ilhas, hoje Morros do Mirante, do Forno e Pontal do Atalaia.
Seus primeiros habitantes humanos chegaram há cerca de cinco mil anos. Eram nômades, viviam em grupos no alto dos morros e desciam apenas para buscar alimentos, basicamente peixes e moluscos.
Mais tarde, vieram os índios da nação Tupi-guarani. Tribos Tupinambás habitavam toda a área correspondente ao Estado do Rio de Janeiro e, nas terras onde surgiria Arraial, eram representados pelos Tamoios. Estes, mais avançados que os nômades, viviam em aldeias, caçavam, plantavam mandioca, faziam peças de cerâmica e enfeitavam-se com penas. Destaca-se, ainda, na cultura tupinambá, a confecção de peças de cerâmica. Segundo estudos arqueológicos, havia cerca de 50 aldeias Tupinambás na região, estimando-se uma população que poderia variar de 25 a 75 mil habitantes antes da conquista européia.
Arraial do Cabo está assentado sobre sítios arqueológicos de extrema valia para o estudo da história da região, tendo fornecido diversas peças para o Museu Nacional da Quinta da Boa Vista, no Rio de Janeiro. Isto pode ser comprovado a partir de restos arqueológicos catalogados em toda a região, que é composta de diversos sambaquis (sítios arqueológicos com esqueletos
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