Em indígena, Cacuia significa CAÁ “morro” e CUYA “vaso de beber”, ou seja, “Morro da Cuia” No século XIX, existiu na região a próspera fazenda São Sebastião, com atividades voltadas para a exploração de cal de mariscos e a extração de saibro Sua proprietária, a viúva Amaral, a vendeu em 1871 à Marinha e a área tornou-se militar Inicialmente foram instalados um depósito de munições e uma escola de aprendizes marinheiros, atualmente nela encontram-se a estação de rádio da Marinha e a base de combustíveis líquidos Na época do presidente Floriano Peixoto, ocorreu a Revolta da Armada (1893) e a antiga escola aí instalada foi palco de violentos conflitos envolvendo os revoltosos almirantes Custódio e Saldanha, o capitão Negreiros e o general “Florianista” Silva Teles, morto ao tentar ocupá-la Grande parte dessa área da Marinha compreende o morro do Matoso (69 mts), recoberto por densa mata, e o manguezal cortado pelo rio Jequiá (Y-I-QUIÁ – “rio Sujo”) Por sua importância ecológica, foi transformada na Área de Proteção Ambiental e Recuperação urbana – APARU do Jequiá, por decreto municipal em 1993, incluindo os sítios arqueológicos, compostos pelo acúmulo de conchas deixadas pelas antigas tribos que habitavam o litoral A área total dessa APARU é de 147 hectares Dentro da Reserva, fica a colônia de pescadores Almirante Gomes Pereira, conhecida como colônia Z-10, em local cedido pela Marinha em 1920, que a regulamentou em 1938, estabelecendo condições para a permanência dos moradores
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