Nilópolis foi parte integrante da capitania hereditaria de São Vicente, que pertenceu a Martin Afonso de Souza, em 1531. Dividiu-se em sesmarias, doando grande parte a Braz Cubas, fundador de Santos, em São Paulo, constando 3.000 braças por costa do lombo do Salgado e 9.000 braças para dentro no Rio Meriti, correndo pela piaçaba de Jacutinga, habitada pelos índios jacutingas, em 1568. Nesta sesmaria incluía-se Nilópolis, São João de Meriti, Nova Iguaçu e Caxias, até as fraldas do Gericinó que depois foram se transformando em novas sesmarias e grandes fazendas.
Em 1621 está área denominada Fazenda de São Mateus, veio a pertencer a João Álvares Pereira, com os limites até a cachoeira dos engenhos de Francisco Dutra e André São Mateus, entre a cachoeira (Rio Pioim) até a parte da Serra de Maxambomba (atual Nova Iguaçu).
Em 1637 João Álvares Pereira manda construir a Capela de São Matheus, no alto da colina de Nilópolis, de barro batido (adobo) pelos índios e escravos alí existentes. Sucedeu a João Álvares Pereira, Diogo Pereira, certamente seu parente, até o ano de 1700, quando as terras passaram a pertencer a Domingos Machado Homem, cujo filho, o Padre Matheus Machado Homem, fica sendo o Pároco da Capela de São Matheus.
Em 1747, a capela de São Matheus é elevada a matriz de São João de Meriti, dando origem a cidade, e recebe a visita do Monsenhor Pizarro em 1788, atestando o uso como curada, portanto, pronta para os atos da fé cristã. Falecendo Domingos Machado Homem,
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