São José é cortada pela BR-101, que liga a cidade diretamente às metrópoles do sudeste. Além desta, cruza parte da cidade o trecho inicial da BR-282, a Via Expressa, que dá acesso a capital e ao oeste do estado. A SC-407 começa no sul do município e liga a cidade a São Pedro de Alcântara e Angelina. A cidade sofre, na hora do rush, com congestionamentos crônicos. A frota soma 112.522 veículos, segundo o Censo 2010. Embora tenha sido construída a Beira-Mar de São José sobre um aterro ela pouco aliviou o trânsito no sentido Florianópolis-bairros de São José. A Avenida Presidente Kennedy sofreu uma readequação para tentar atenuar o problema, com faixas exclusivas para ônibus. Outras vias importantes são a Avenida das Torres, que liga os bairros do distrito de Barreiros e a Leoberto Leal, também em Barreiros.